Các bản thảo của Niu-tơn đã cho thấy vị trí hết sức quan trọng của tín ngưỡng trong suốt cuộc đời khoa học của ông. Niu-tơn bắt đầu nghiên cứu những điều huyền bí trong tự nhiên, và phát hiện ra rằng thế giới tự nhiên thâm sâu huyền bí không thể nào đo lường được. Cuối cùng ông đã bước vào điện đường tôn giáo, chứng minh cho người đời thấy rằng vũ trụ được sáng tạo bởi những sinh mệnh cao cấp kỳ diệu và vĩ đại vô ngần.
Niu-tơn sinh vào ngày 4/1/1643, có cha là nông dân mù chữ, mẹ là người phụ nữ kiên cường, cùng kinh doanh ở một nông trường nhỏ nước Anh. Cha mẹ của Niu-tơn đều là tín đồ Anh Giáo, các tín đồ có tín ngưỡng kiên định vào Cơ Đốc giáo.
Ba tháng trước khi Niu-tơn ra đời, cha của ông mắc phải bệnh nặng rồi qua đời, nông trường nhỏ vì thiếu nhân lực nên không thu hoạch được, gia cảnh càng thêm khốn khổ. Người mẹ Hannah Ayscough vừa mới mất chồng, trước mắt đứa con trai duy nhất cũng sắp mất, trong lúc tuyệt vọng nhất bà liền nhớ đến một người phụ nữ cũng tên là Han-na trong Kinh Thánh, trong lúc buồn khổ đã cầu nguyện với Thượng Đế: “Lạy Chúa của các đạo binh, nếu Ngài đoái nhìn đến nỗi khổ cực của nữ tỳ Ngài đây, nếu Ngài nhớ đến con và không quên nữ tỳ Ngài, nếu Ngài cho nữ tỳ Ngài một mụn con trai, thì con sẽ dâng nó cho CHÚA mọi ngày đời nó, và dao cạo sẽ không đụng tới đầu nó”.
Mẹ của Niu-tơn ôm đứa con sinh non vào lòng và cầu nguyện những lời tương tự với Thượng Đế. Suốt cuộc đời của Niu-tơn về sau, lời cầu nguyện này đã có ảnh hưởng sâu sắc vào cá tính và tín ngưỡng của ông. Khi Niu-tơn bước vào năm thứ hai đại học, trên nhật kí ông đã viết ra lời cầu nguyện rằng: “Chúa ơi! Nếu như lòng con sa ngã về phía tà ác, xin Người chớ có thành toàn con; không phải vì để nhận được sự chúc phúc mà con đi theo Người; không phải chỉ trong giáo hội mà con mới ngưỡng mộ Người; hãy cho con làm một người kính sợ Người, chỉ kính sợ Người, mà không sợ hãi những kẻ tà ác”.
Niu-tơn thường suy tư về những lời cầu nguyện của mẹ năm xưa đã được Thượng Đế lắng nghe, ông ý thức được rằng Thượng Đế cho ông sống tiếp, nhất định là có một số việc cần ông đi hoàn thành. Ông đã dùng sinh lực cả đời của mình để nghiên cứu những bí mật của vũ trụ. Đối với “chủ nghĩa vô Thần luận” ông hoàn toàn không hề cho là đúng, ông chỉ ra: “Khi tôi quan sát hệ Mặt trời, nhìn thấy khoảng cách từ Trái đất đến Mặt trời vừa khéo khiến cho Trái đất có được ánh sáng và nhiệt độ thích hợp, đây tuyệt đối không phải là hiện tượng ngẫu nhiên!”
Sau khi nghiên cứu khảo sát về sự kì diệu của kết cấu vũ trụ một cách kỹ lưỡng, Niu-tơn càng cảm nhận sâu sắc hơn sự vĩ đại của Đấng đã sáng tạo nên vũ trụ này. Đối với ông, nó sâu xa huyền diệu không cách nào đo lường cho được.
Một nhà khoa học vĩ đại nổi tiếng khắp thế giới như ông cũng lại cho rằng những bí mật trong vũ trụ mà bản thân biết được là vô cùng hữu hạn, chỉ như một giọt nước trong đại dương mênh mông vậy.
Ông mỗi ngày đều đọc và nghiên cứu Thánh Kinh, bỏ công sức đi sâu nghiên cứu về những dự ngôn và thuật luyện kim trong Kinh Thánh, rồi ghi chép lại rất nhiều công trình nghiên cứu của mình, cố gắng giải đáp những bí mật trong Kinh Thánh, cho đến những lời tiên tri về sự trở lại của Đấng Cứu Thế và ngày tận cùng của thế giới.
Ông viết rằng: “Tôi hoàn toàn tin tưởng vào những gì được ghi chép trong kinh Thánh, nó được viết bởi những người đã được ‘lời của Thiên Chúa’ khải thị”.
Niu-tơn từng nói: “Ở những nơi không có vật chất thì có cái gì đây? Lực hấp dẫn của Mặt trời và các hành tinh là từ đâu đến? Vạn vật của vũ trụ vì sao lại sắp xếp một cách có trình tự như vậy? Tác dụng của hành tinh là gì? Cặp mắt của động vật có phải được thiết kế dựa trên nguyên lý quang học? Như vậy không phải là trong vũ trụ có một Đấng Tạo Hóa toàn năng hay sao? Tuy rằng khoa học còn chưa có thể khiến chúng ta lập tức hiểu rõ được khởi nguyên của vạn sự vạn vật, nhưng những điều này đều dẫn dắt chúng ta hướng về Đấng Sáng Tạo đang bao quát hết thảy mọi thứ trong vũ trụ”.
Bắt đầu từ thời đại của Niu-tơn, mấy trăm năm nay tuy rằng khoa học mỗi lúc mỗi khác, những câu hỏi phần cuối cùng của Niu-tơn trong việc nghiên cứu của con người, hiện tại vẫn chưa nhìn thấy đáp án! Và những quan điểm về tín ngưỡng của ông đã bị bài xích hoàn toàn.
Nói về kết cấu và vận hành của thiên thể, Niu-tơn bày tỏ một cách nghiêm chỉnh: “Từ trật tự kỳ diệu của các thiên hệ, chúng ta không thể không thừa nhận những điều này chắc chắn được tạo nên bởi những sinh mệnh cao cấp toàn trí toàn năng. Tất cả vạn sự vạn vật dù là vô cơ hay hữu cơ trong vũ trụ đều là từ trí huệ toàn năng của những vị Chân Thần vĩnh sinh tạo nên.
Người bao quát hết thảy, đại trí đại huệ; Người hiện hữu trong đại thiên thế giới sắp xếp có trật tự, bao la vô tận, tất cả đều theo chỉ ý của Ngài mà sáng tạo vạn vật, vận hành vạn vật, rồi đem sinh mệnh, hơi thở, vạn vật cấp cho con người; cuộc sống, động tác, tồn lưu của chúng ta, đều thuộc về Người. Vạn vật trong vũ trụ, tất nhiên là có một vị Thần toàn năng đang điều khiển và khống chế hết thảy. Ở dùng kính viễn vọng để tìm đến nơi tận cùng, tôi đã nhìn thấy dấu vết của Thần”.
Tâm huyết trong suốt cuộc đời của Niu-tơn là nghiên cứu thế giới tinh thần, còn khoa học đối với ông chỉ là chuyện dư thừa. Khi đàm luận về những thành tựu khoa học của mình, ông nói rằng bản thân ông chẳng qua chỉ là “đi theo tư tưởng của Thần”, “dựa vào tư tưởng của Thần để suy nghĩ mà thôi”.
Niu-tơn có một người bạn là Halley, nhà thiên văn học nổi tiếng nước Anh, vì ông đã suy đoán ra quỹ đạo của một sao chổi, sao chổi này sau đó được đặt tên là Halley, nên ông không chịu tin tất cả thiên thể trong vũ trụ là do Thần sáng tạo nên.
Một lần nọ, Niu-tơn chế tạo ra một mô hình hệ Mặt trời, chính giữa là một Mặt trời mạ vàng, bốn phía đối ứng là trật tự sắp xếp của các hành tinh trong thiên hệ, hễ ông kéo cái tay quay, các hành tinh lập tức chuyển động hài hòa theo quỹ đạo của mình, vô cùng mỹ diệu. Một ngày nọ, Halley đến thăm, nhìn thấy mô hình này, đã chơi đùa rất lâu, trầm trồ thán phục mãi không thôi, vội hỏi cái này là ai sáng tạo nên.
Niu-tơn trả lời, cái mô hình này không có ai thiết kế và chế tạo cả, chẳng qua là các mảnh gỗ ngẫu nhiên tập hợp lại với nhau mà hình thành thôi. Halley nói, bất luận thế nào đi nữa thì nhất định là có người sáng tạo nên nó, và người ấy chắc chắn là một thiên tài mà không cần phải nghi ngờ gì cả. Lúc này, Niu-tơn vỗ lên vai của Halley, nói: “Cái mô hình này tuy tinh xảo thật, nhưng nếu đem so với hệ Mặt trời thật sự, quả thật nó chẳng là gì cả! Nếu như ông đã tin rằng có người chế tạo nó, vậy thì hệ Mặt trời còn tinh xảo hơn cả trăm nghìn vạn lần so với mô hình này, há không phải là do vị Thần toàn năng, dùng trí tuệ cao siêu của mình sáng tạo nên sao?”. Harley lúc này mới giật mình tỉnh ngộ, cũng đã tin tưởng rằng Thần thật sự tồn tại.
Niu-tơn trước lúc lâm chung, đối diện với những người ngưỡng mộ trí tuệ và ca tụng thành tựu khoa học vĩ đại của mình, ông đã khiêm tốn mà nói rằng: “Công việc của tôi nếu đem so với sự sáng tạo vĩ đại của Thần, thì tôi chỉ là một đứa bé nhặt được một viên sỏi và vỏ ốc trên bãi biển mà thôi. Chân lý vũ trụ mênh mông như biển cả, không phải là điều mà chúng ta có thể khám phá hết được”.