Từ 04/1981 – 10/1986: Phó xứ Vĩnh Lộc, Phùng Xá, Thạch Thất, thành phố Hà Nội.
Từ 11/1986 – 9/2007: Chính xứ Vĩnh Lộc.
Từ 01/1998 – 09/2003: Giám quản giáo phận Hưng Hóa.
Từ 09/2007 – 03/2019: Chính xứ Tuyên Quang và ÂnThịnh - Quản hạt Hà Tuyên Hùng
Từ tháng 03/2019 - nay: nghỉ hưu tại Vĩnh Thọ
Vào lúc 19g00 ngày 28.3.2026, tại nhà thờ Giáo xứ Trù Mật, cha xứ Giuse Nguyễn Văn Yêm đã chủ tế Thánh lễ Lá, khai mạc Tuần Thánh – tưởng niệm mầu nhiệm Vượt Qua của Chúa Kitô. Đồng tế có cha Antôn Phan Thanh Đồng, cha Giuse Bùi Công Dũng và cha Giuse Đỗ Văn Thành.
